之前崇祯手中还有些钱，但是经过剿匪一事，花的不多了，而且满清被灭，他又少了一大笔收入，不得已只能增派辽饷。
至于之前文武百官士绅富商踊跃捐赠的局面，在刘元昭领兵撤退之后，就没再出现了。
杨嗣昌所提的三点纲领，都是为了实现他“四正六隅、十面张网”的围剿计划来服务的。这一计划的执行依靠的是五省总督洪承畴和五省总理王家桢的配合。
洪承畴已在围剿农民军的过程中颇建功勋，但王家桢被杨嗣昌认为是个庸才，不堪此任，于是杨嗣昌经密友礼部侍郎姚明恭的介绍，向崇祯帝推荐了两广总督熊文灿接替五省总理。
熊文灿，四川省泸州市叙永县人（永宁卫），万历三十五年进士，授黄州推官，历礼部主事、郎中，山东左参政、山西按察使、山东右布政使，兵部侍郎、尚书等职。
崇祯元年擢右佥都御史，巡抚福建。崇祯十年四月，任兵部尚书兼右副都御史。
崇祯十一年五月，文灿仍行前策招抚张献忠、刘国能投降，而张献忠名义上是归顺明朝，实际是向熊文灿催索饷银，屯兵数万于谷城，伺机而动。
崇祯十二年五月，张献忠再起，势如破竹，熊文灿因此次抚局失败而被捕入狱，次年被斩。
崇祯帝听杨嗣昌提议熊文灿接任，对于熊文灿，他只有一个模糊的印象，于是就先派人去调查。
熊文灿不知道啊，热情地接待了朝廷的派来的这位宦官，金银财宝赠送，胡吃海喝十日。
宦官以前深居宫中，在抠门皇帝崇祯的约束下过得紧巴巴的，哪见过这样的大场面，现在当然心里也很爽。
有一天在酒席之上，大家又喝高了，宦官谈起中原地区的农民起义，熊文灿听罢醉醺醺地拍案说道：“诸臣误国耳。若文灿往，讵令鼠辈至是哉！”
宦官一听，心想皇帝在宫中也是这样骂那些大臣王八蛋的。
看来熊文灿跟咱是一条心的同路人，随即也亮出身份：“我这次不是到广西去采购的，我是陛下派来对你进行考察的。你有当世之才，朝廷没有你没法消灭这群泥腿子。”
熊文灿一听就吓尿了：我哪里是去剿匪的料啊！我只是喝高了说着玩玩的，大人千万不要当真啊。
尽管熊文灿一再陈述自己‘五难四不可’，宦官告诉他：“我会把事情如实地向陛下汇报。如果陛下做出了决定，到时你也不要推辞了。”
熊文灿只得答应，送走了宦官的车马，一屁股瘫坐在地上......
宦官回到了宫中，向崇祯一五一十地汇报了熊文灿的情况。如此，崇祯当即就决定了熊文灿的任命。
他被任命为兵部尚书兼副都御史，负责南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川的军务，全权镇压农民起义。
熊文灿清楚自己是块什么料，根本没法彻底消灭农民起义，决定采取以安抚为主的策略，这下反而被农民起义军看出了弱点。
张献忠名义上投降了熊文灿，实际上不断要钱，暗自在谷城中囤积了一万多起义军。时机一旦成熟，就再次反叛，打得明军一败涂地。
最后纸包不住火，熊文灿被革职下狱，第二年以抚议误国罪在京城西市被斩首示众。
洪承畴和孙传庭联手重创了闯军，杀了高迎祥，但是闯军在李自成的带领下，又形成了一股大势力，特别是洪承畴、卢象升以及孙传庭都被调走，大量官兵也前去勤王，让李自成羽翼渐丰。
在确认华夏军真的撤军之后，崇祯就下令洪承畴和孙传庭等人率部返回中原，在杨嗣昌手下听用剿灭流寇。而卢象升则领兵继续驻扎遵化一带，防备华夏军。
就在杨嗣昌紧锣密鼓地指挥围剿农民军的同时，亦开始筹划对清议和的事宜，以缓解明朝的外部压力。
崇祯十一年（1638年）三月十日，杨嗣昌上疏重申攘外必先安内的主张，力主对清妥协，集中全力平息“中原群盗”。
同年五月三日，崇祯帝在中极殿以“剿兵难撤、敌国生心”为主题策试大臣，杨嗣昌在策论中以天象引入话题，接着列举历史上天象示警与异族关系的故事，如东汉时日蚀火星，汉光武帝与南匈奴议和，宋太宗时月蚀荧惑，宋军兴师伐辽而战败。
其实他是借此影射他对清议和的主张，正如谈迁所说：“星历之学非嗣昌所谙，而推言之甚详，专为建虏而发，力主封赏。”
尽管多数朝臣反对此议，但崇祯帝却非常赏识，加上杨嗣昌无偏无党、勇于任事，崇祯帝对他更加信任，于当年六月提拔杨嗣昌为礼部尚书兼东阁大学士，入参机务，仍掌兵部事，故人称“杨阁部”。
其实，杨嗣昌已经在秘密启动议和行动。崇祯十年年底，辽东巡抚方一藻派瞽者周元忠出使蓟镇，试探口风，刘进忠不敢决断，对其相当礼遇，并表示：“如有确议，则撤兵北归”。
杨嗣昌接到方一藻的报告后，立刻建议崇祯帝允许方一藻及总监太监高起潜便宜从事，办好议和，得到崇祯帝默许。
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